subroutines,
193 total:

ADD_A2A  21
ADD_A2C_U  2,1
ADD_A2C_V  2,1
ADVANCE_PPT  1,3
BL_INIT  1,14
BMJ     1,2
BMJDRV  1,1
BMJINIT  1,3
CAL_CLDFRA  1
CAL_MON_DAY  2
CANRES  1
CLDFLX  2
CLDSCALE  2
CLO89   1
CLPHY1D  1,16
CMBGB1  1
CMBGB10  1
CMBGB11  1
CMBGB12  1
CMBGB13  1
CMBGB14  1
CMBGB15  1
CMBGB16  1
CMBGB2  1
CMBGB3  1
CMBGB4  1
CMBGB5  1
CMBGB6  1
CMBGB7  1
CMBGB8  1
CMBGB9  1
CO2IN1  1
CO2INS  3
CO2INT  8,4
CO2O3   1,22
CO2PTZ  1,7
COEINT  1
CONDLOAD  2
CUMULUS_DRIVER  1,11
CU_INIT  1,6
DCOEF   
DELEDD  4
DIFCOF  1
DTFRZNEW  2
E1E290  1
E290    1
E2SPEC  1
E3V88   1
EGCP01COLUMN  1
EGCP01DRV  1,1
ENVIRTHT  8
ETAMP   1,2
ETAMP_NEW  1,1
ETANEWINIT  1,17
ETARA   2,2
FLXCO2  1
FST88   1,5
GASABS  1,16
GFDLETAINIT  2,4
GPVS    1,2
GSCOND  1,8
GSFCSWRAD  1,2
GSFC_SWINIT  1
HRT     1,3
HRTICE  1
HSTEP   1,1
INIRAD  1,1
KESSLER  1
KFCPS   1,1
KFINIT  1
KFPARA  1,15
KF_ETA_CPS  1,3
KF_ETA_INIT  1,1
KF_ETA_PARA  1,14
KF_LUTAB  1
LANDUSE_INIT  1,17
LIN_ET_AL  1,2
LSM     1,1
LSMINIT  1
LWR88   1,1
MICROPHYSICS_DRIVER  1,18
MIXLEN  1
MM5ATM  1
MP_INIT  1,6
MRF     1,1
MRF2D   1,3
MRFINIT  1
MYJPBL  1,6
MYJPBLINIT  1
MYJSFC  1,1
MYJSFCINIT  1
MY_GROWTH_RATES  1
NCLOUD3  1,1
NCLOUD32D  1,2
NCLOUD3INIT  1,8
NCLOUD5  1,1
NCLOUD52D  1,4
NCLOUD5INIT  1,8
NOPAC   1,4
O3CLIM  1
O3DATA  1
O3INT   1
O3PROF  1
OZON2D  1
PBL_DRIVER  1,23
PENMAN  1
PHY_BL_TEN  1,10
PHY_CU_TEN  1,14
PHY_INIT  1,12
PHY_RA_TEN  1,1
PRECPD  1,6
PRMSOI  1
PRMVEG_SIB  
PRMVEG_USGS  1
PRODQ2  1
PROF5   2
QINTRP  4
QUADSR  1,1
RADCONST  1,2
RADFS   1,4
RADIATION_DRIVER  1,22
RADTN   1,10
RA_INIT  1,9
REDPRM  1,2
ROSR12  2
RRTM    1,5
RRTMINIT  1,1
RRTMLWRAD  1,1
RRTM_LOOKUPTABLE  1,22
RTRN    1
SAGPOL  4
SATADJ  2
SETCOEF  1
SFCDIF  1,24
SFCLAY  1,1
SFCLAY1D  1
SFCLAYINIT  1
SFLX    1,6
SGETMO  8
SGETMO_T  6
SHFLX   2,3
SIGP    1
SINTR2  2,4
SLAB    1,1
SLAB1D  1
SLABINIT  1
SMFLX   3,7
SNOPAC  1,3
SOLARD  1,1
SOLIR   1,6
SOLUV   1,6
SORAD   1,3
SPA88   1
SPLINE  3
SRT     3,3
SSTEP   3,1
SURFCE  1,1
SWINIT  1
SWPARA  1
SWR93   1
SWRAD   1,1
TABLE   1
TAUGB1  1
TAUGB10  1
TAUGB11  1
TAUGB12  1
TAUGB13  1
TAUGB14  1
TAUGB15  1
TAUGB16  1
TAUGB2  1
TAUGB3  1
TAUGB4  1
TAUGB5  1
TAUGB6  1
TAUGB7  1
TAUGB8  1
TAUGB9  1
TDFCND  6
TPMIX   3
TPMIX2  3
TPMIX2DD  4
TRANSP  1
TRIDI2  3
TTBLEX  2
UPDATE_PHY_TEN  1,3
VDIFH   1
VDIFQ   1
VDIFV   1
WDFCND  4
Z2SIGMA  1
ZENITH  2
ZERO2   6

functions,
22 total:

ANTEMP  6
CONDENSE  
DEPOSIT  
DEVAP   ,1
FPVS    6
FPVS0   
FPVSX   1
FPVSX0  1
GGAMMA  10,1
PARAMA1  2
PARAMA2  2
PATH    
PSLHS   1
PSLHU   1
PSLMS   3
PSLMU   3
PSPHS   4
PSPHU   4
PSPMS   4
PSPMU   4
RGMMA   16
TPDD    

modules,
21 total:

MODULE_BL_LSM  2
MODULE_BL_MRF  2
MODULE_BL_MYJPBL  2
MODULE_BL_MYJSFC  2
MODULE_BL_SFCLAY  2
MODULE_BL_SLAB  2
MODULE_CU_BMJ  2
MODULE_CU_KF  3
MODULE_CU_KFETA  3
MODULE_MP_ETA  1
MODULE_MP_ETANEW  2
MODULE_MP_KESSLER  1
MODULE_MP_LIN  1
MODULE_MP_NCLOUD3  2
MODULE_MP_NCLOUD5  2
MODULE_PHYSICS_ADDTENDC  1
MODULE_PHYSICS_INIT  1
MODULE_RA_GFDLETA  2
MODULE_RA_GSFCSW  2
MODULE_RA_RRTM  2
MODULE_RA_SW  2